斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
昔日长留仙山沦为冷清景区，员工静恒接到关停通知，收拾行李时碰倒木箱，唤醒了因被遗忘而沉睡的四瑞兽——主事业的苍龙、主财运的白虎、主姻缘的朱雀、护健康的玄武。因神力衰减，四瑞兽的许愿回应十分“抽象”，反倒让长留仙在网上走红。随着人气渐旺，白泽、麒麟等瑞兽相继苏醒，静恒与这群瑞兽联手，让古老传说在现代焕
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沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
