在京都居住的内向男高中生直实（北村匠海 配音）的面前，突然出现从10年后穿越而来26岁的自己（松坂桃李 配音）。未来的直实告诉他，自己不久便会与瑠璃（滨边美波 配音）相爱，可是之后烟花大会时她却会因为一场事故意外离世。为了拯救爱人，16岁的直实卷入了这场现实与虚拟的记忆世界，经历了一系列超乎想象的事情。即使世界毁灭，我也想再见你一面。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
昔日长留仙山沦为冷清景区，员工静恒接到关停通知，收拾行李时碰倒木箱，唤醒了因被遗忘而沉睡的四瑞兽——主事业的苍龙、主财运的白虎、主姻缘的朱雀、护健康的玄武。因神力衰减，四瑞兽的许愿回应十分“抽象”，反倒让长留仙在网上走红。随着人气渐旺，白泽、麒麟等瑞兽相继苏醒，静恒与这群瑞兽联手，让古老传说在现代焕
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沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
